传染科是卫生部临床重点学科，同时也一直是儿科医院重点学科，是卫生部唯一具有集医、教、研为一体多学科紧密合作完整保留小儿传染和病特的学科，是国家和上海市小儿传染病、性疾病的监测和定点医疗单位，一直是具有全国影响力的小儿传染肝病医师和研究人员培养基地。目前有独立的传染病、病、肝病的门诊和住院病区，床位50张，诊治疾病的种类涉及法定报告传染病、各类性疾病以及儿童肝病。 本共有专科医师22名，85％以上具有博士、硕士。护士25名，其中副主任护师1名,主管护师1名，护师12名。目前教授（主任医师）3名、副教授（副主任医师）7名、主治医师8名、住院医师5名以及年轻博士、硕士为主的学术队伍，床位数50张。 在多次国家和上海市突发公共卫生事件中，发挥着处置儿童突发传染病的主导作用。无论是在应对2003年的SARS、2008年的手足口病、2009年的新型甲型H1N1、2011年猩红热暴发以及2013年人禽H7N9、季节性暴发等公共突发医疗事件中，均出地完成了临床的救治和预防控制工作；参与各类应急及突发传染病救治决策方案的制定、会诊等工作，承担全国和上海市儿童疫苗接种异常反应和儿童疫苗接种的专家咨询和指导工作，一直挥为国家小儿传染病疫告、传染病防控和诊治、儿童疫苗接种提供了重要的数据和建议，为儿童的健康做出了重要贡献。几十年来，传染的科研工作从重症传染病的治疗和抢救逐渐扩展到性腹泻病、乙肝疫苗及HBV母婴传播的阻断的研究、婴儿肝病综合征、手足口病、麻疹、、EV71、猩红热、重要新发和突发传染病、人群疫苗接种、细菌耐和抗生素合理使用等各个方面。2008年获得上海市公共卫生临床重点学科建设项目以及2009年卫生部儿童突发与危重传染/性疾病诊治基地建设项目，2017年成立国家儿童医学中心传染免疫中心。目前是中华医学会病学分会小儿及肝病学组组长单位、中华医学会儿科学分会学组组长单位及上海市医学会儿科分会学组组长单位、中华医学会儿科学分会预防接种委员会副主任委员单位、上海市预防医学会免疫规划委员会副主任委员单位、世界卫生组织抗生素工作组专家成员单位。 对各种儿童常见传染性疾病的诊治具有规范的诊疗常规，重症传染病诊疗水平及抢救成功率位于国内领先水平，重危病例抢救成功率达90％以上。儿童肝病中心成立于2005年9月，通过开展肝脏穿刺病理检查、基因检测技术和代谢性疾病的检查，首先在国内报道了进行性家族性肝内胆汁淤积症和Alagille综合征等遗传代谢性肝病病例。肝穿刺病理诊断、基因分子诊断、乙肝母婴传播的防治、胆道闭锁患儿系统管理、疑难及危重儿童肝病的诊治、肝移植为本中心的特。我院肝病中心在诊治儿童肝病方面和接轨，对各种罕见、少见、疑难肝病的诊断和治疗水平处于国内领先，为全国诊治儿童肝病的中心。 科研工作从重症传染病的治疗和抢救逐渐扩展到性腹泻病、乙肝疫苗及HBV母婴传播的阻断的研究、儿童肝病、手足口病、麻疹、、猩红热、新发突发传染病、细菌耐、抗生素管理、疫苗接种的临床问题等各个方面，先后获得各类研课题51项，发表论文420篇，其中英文论著36篇，科普文章42篇。获得教育部科技进步奖、卫生部科技进步奖及上海市科技进步奖4项。先后培养博士生15名，硕士生23名，培养全国各地专科进修人员 30余名；主编或副主编《小儿肝胆系统疾病》、《病学》、《儿科病学》和卫生部规划教材全国高等学校本科临床儿科用书《小儿传染病学》等著作及教科书18部，参编著作38部。三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，全国儿科学重点学科、国家“211工程”和“985”工程建设单位，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。在中国医学科学院发布的中国医院科技竞争力排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜，复旦大学附属儿科医院儿科学均位居前列。医院是国内首个通过第五版JCI认证的儿童专科医院，于2016年11月通过HIMSS EMRAM 6级国际认证，于2017年1月获批成为国家儿童医学中心。连续八次荣膺上海市文明单位。 医院宗旨:一切为了孩子。医院使命:建树医学典范，呵护儿童健康。医院定位:立足上海、服务全国、辐射亚洲。医院愿景:亚洲一流的儿童医学中心，儿科医学教育向全国辐射的中心，中外儿科学术交流的重要桥梁。医院院训:团结、奋进、严谨、创新。医院理念:尊重、平等、热情、关爱。 在各级政府的大力支持和关心下，2008年2月29日，座落于闵行区万源路399号的新医院经过将近4年的建设正式启用，医院主体从枫林路搬迁至新医院，原址保留普通儿内科门诊服务功能，以满足周边地区病人的需求。新医院占地153亩，现有建筑面积10万平方米。截止2016年底，在职职工1686人，高级职称专家157人，博士生导师32名，硕士生导师31名。 目前医院开放床位800张，年门急诊服务量逾225万，出院病人突破4.2万人次，住院手术2.8万。医院专业设置齐全，共设45个临床专业医技科室，拥有7个国家临床重点专科，包括:新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业。新生儿科是上海市医学重点学科，儿科学是上海市重中之重重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症临床医学中心，呼吸急救专业是上海市医学领先专业。 医院有2个省部级重点实验室，分别为卫生部新生儿疾病重点实验室和上海市出生缺陷防治重点实验室。科研实力雄厚，近10年来，承担590项科研课题，纵向经费3.0亿元。包括国家重点研发计划、国家自然科学基金重点课题、卫生部行业专项、国家“863”、“973”、“十一五”、“十二五”科技支撑计划等重要项目。在《The Lancet》、《Pediatrics》、《Journal of Pediatrics》和《Pediatric Research》等重要国际学术期刊发表SCI收录论文893篇（近4年553篇），获省部级以上奖项44项。出版《儿科学》、《小儿外科学》、《实用新生儿学》、《实用儿童保健学》、《实用新生儿小儿外科学》、《实用新生儿护理学》、《小儿感染病学》、《现代实用儿科学》等五十余部重要专著。主办《中国儿科循证杂志》进入国家核心期刊，并与美国儿科学会协作主办《Pediatrics中文版》。 复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，每年承担13个专业1000余名医学生的临床教学与实习培养；每年在读博士和硕士研究生200余名。医院拥有国家儿科和儿外科住院医师规范化培训基地以及13个上海市儿科亚专科和儿外科医师培训基地，每年培养200余名住院医师和专科医师。医院每年培养长期进修学员300名，短期进修学员250名，至今已经为全国各地培养进修医生1万余名。每年举办50-60期国家级继续教育学习班。