医院设有上海交通大学市六临床医学院、上海市四肢显微外科研究所、上海市糖尿病研究所、中国上海四肢显微外科培训中心、上海市医学超声培训中心、上海交通大学影像医学研究所、上海交通大学耳鼻咽喉研究所、上海交通大学创伤骨科研究所和上海交通大学糖尿病研究所。是上海交通大学、上海中医大学及苏州大学的研究生教育基地,有博士培养点34个,博士生导师76位,硕士培养点46个,硕士生导师143位。也是全国医学进修基地之一,2014年承担75项继续医学教育项目。 医院的骨外科、内分泌代谢科、耳鼻咽喉科、医学影像科、运动医学科、急诊医学科为国家临床重点专科;骨外科学、内分泌与代谢病学、心血管病学是国家教育部重点学科;四肢显微外科、内分泌代谢科、介入影像学是上海市重点学科;先后经上海市人民政府批准设立上海市创伤骨科临床医学中心和上海市糖尿病临床医学中心,并入选上海市“重中之重”临床医学中心;耳鼻咽喉科入选上海市“重中之重”临床重点专科;国家中医管理批准设立全国综合性医院示范中医科;上海市卫计委批准成立上海市急性创伤急救中心、上海市传染病专科诊治中心、上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市脑卒中临床救治中心和生殖医学中心;普通外科、泌尿外科、妇产科、麻醉科、超声医学科、血液内科、心血管内科、骨质疏松专科、肿瘤内科和肾脏风湿科为上海交通大学医学院重点学科和院级重点学科。
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